Gerak Khas Undercover mengisahkan cabaran anggota undercover mendekati dalang sindiket jenayah dalam menjalankan tugas risikan dan penyamaran. Antaranya, kes jenayah membabitkan kumpulan kongsi gelap remaja, kes pengedaran dadah dalam kalangan pelajar sekolah, sindiket penipuan jual beli kereta, kes pelacuran dan dan lain-lain.
Ia merupakan idea asal daripada Syafiq Yusuf dan dia juga berperanan sebagai pengarah bersama dengan C. Kumaresan, Faizal Yusof, Iskandar Kamaludin, M.S Hakim. Manakala, Datuk Yusof Haslam berperanan sebagai penasihat produksi bagi drama bersiri ini.
Datuk Rosyam Nor memegang watak sebagai Tony Bono merupakan ketua gengster yang terlibat dalam pengedaran dadah, penjualan senjata api dan juga perniagaan kelab malam. Namun, Tony Bono menjadi buruan utama DSP Jeslina (Erra Fazira) dan ASP Salina (Salina Saibi) bagi menumpaskan sindiket jenayah yang dikuasai olehnya.